Contrat
CDD - 11 Mois
Territoire
Guadeloupe
Ville
Petit-Bourg
Remuneration
Indemnité VSC
Experience
Débutant accepté
Candidature
Externe
1 Le Poste
LE CIRAD recherche un.e Assistant.e de recherche en bio-analyse et génomique comparative des ignames en mission Volontaire de Service Civique (VSC)
Intégré-e à l'équipe DEFI de l'UMR AGAP Institut en Guadeloupe, le/la VSC interviendra au coeur des activités de génomique et de bio-informatique du projet EvoSexYam, qui vise à comprendre l'origine, la divergence et la dynamique évolutive des chromosomes sexuels chez les ignames.
La mission débutera par l'assemblage, le polissage et le phasage de quatre génomes d'igname, à partir de données de séquençage longue lecture (PacBio HiFi) et de données de proximité chromosomique (Pore-C). La qualité des assemblages sera évaluée à l'aide d'outils standards (BUSCO, QUAST, etc.), et des améliorations itératives seront proposées si nécessaire.
Le/la VSC réalisera ensuite l'annotation structurale et fonctionnelle des génomes (gènes, éléments transposables, régions répétées) et mènera des comparaisons entre haplotypes, avec un focus particulier sur les chromosomes sexuels et leurs régions spécifiques.
Le/la VSC exploitera également des données de génomique et de transcriptomique (WGS, RNA-seq) pour identifier des régions associées au sexe en intégrant
différentes approches analytiques (GWAS, QTL, Kmer, couverture de reads, expression différentielle).
Une part importante de la mission sera consacrée à la génomique comparative et évolutive, incluant des analyses inter- et intra-spécifiques, l'étude des inversions chromosomiques, des régions non recombinantes, et l'estimation de la divergence entre chromosomes sexuels.
Enfin, la mission comprend une forte dimension de valorisation scientifique et de transfert de compétences : participation à la rédaction d'articles scientifiques,
production de figures de qualité publication, développement de pipelines reproductibles, dépôt de données, et encadrement ou appui technique aux stagiaires
et partenaires, notamment dans un contexte de collaboration Nord-Sud.
Profil souhaité :
Master 2 ou Ingénieur.e en bio-informatique, génomique, biologie computationnelle, data science appliquée aux sciences du vivant.
Compétences techniques requises :
Très bonne maîtrise de Linux/HPC
Expérience en génomique et bio-informatique
Langages Pyton, R, Bash
Bonne compréhension des analyses génétiques et évolutives
2 Le Profil Recherche
Experience
Débutant accepté
Formation
- Environnement agriculture - Bac+5 et plus ou équivalents - Master 2 ou Ingénieur
Permis
- B - Véhicule léger (souhaite)
Competences
- Agronomie (exige)
- Déterminer des protocoles d'expérimentation (exige)
- Planifier et suivre les échéances de projet (exige)
- Procéder à des tests, expérimentations (exige)
- Génomique et bio-informatique (exige)
Qualites professionnelles
- Avoir l'esprit d'équipe - Capacité à travailler et à se coordonner avec les autres au sein de l'entreprise pour réaliser les objectifs fixés.
- Faire preuve de créativité, d'inventivité - Capacité à créer, imaginer quelque chose de nouveau (nouveau produit, nouvelle solution, …).
- Faire preuve d'autonomie - Capacité à prendre en charge son activité sans devoir être encadré de façon continue (le cas échéant, à solliciter les autres acteurs de l'entreprise).
7 Compétences requises
- Agronomie Exigée
- Déterminer des protocoles d'expérimentation Exigée
- Planifier et suivre les échéances de projet Exigée
- Procéder à des tests, expérimentations Exigée
- Génomique et bio-informatique Exigée
8 Qualités professionnelles
- Avoir l'esprit d'équipe — Capacité à travailler et à se coordonner avec les autres au sein de l'entreprise pour réaliser les objectifs fixés.
- Faire preuve de créativité, d'inventivité — Capacité à créer, imaginer quelque chose de nouveau (nouveau produit, nouvelle solution, …).
- Faire preuve d'autonomie — Capacité à prendre en charge son activité sans devoir être encadré de façon continue (le cas échéant, à solliciter les autres acteurs de l'entreprise).
9 Langues & Permis
Permis :
B - Véhicule léger
10 Conditions de travail
Nombre de postes
1
Durée de travail
35H/semaine
Travail en journée
Expérience obligatoire
Débutant accepté
3 Remuneration
Indemnité VSC
Remuneration brute mensuelle
4 Referentiel France Travail
Code contrat
CDD
Nature de contrat
(Contrat travail)
Code NAF
72.19Z
Secteur d'activite
Recherche-développement en autres sciences physiques et naturelles
5 Metier (ROME)
A1303 — Ingénieur / Ingénieure d'études et de recherche agricoles
Appellation : Chargé / Chargée de recherche en agriculture
6 Les Avantages
Remuneration et complements
- Indemnité VSC
- Titres restaurant / Prime de panier
- Complémentaire santé
Conditions et avantages
- 35H/semaine Travail en journée
- Temps plein
- Cadre
- Taille de l'etablissement : 50 à 99 salariés
A propos de l'employeur
Recherche-développement en autres sciences physiques et naturelles
CIRAD
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